Следует скачать последнюю версию программы (На данный момент это Harmony 3.0.1.7) (23 мая 2017 г)
Для тех, кто пользуется программой впервые и не знает как и куда устанавливать и настраивать, почитайте этот туториал в самом начале.
В меню Tools ("Инструменты" в русском меню) выбрать Batch Fixes --> Build/Buy --> Fix light tuning (Patch 7/14/2016).
Если игра сама не нашла путь к папке Mods, указать путь. Ниже указать путь к папке, куда программа сохранит старые файлы.
Нажать Run и подождать пока программа починит контент.
Вот так выглядит окончание процесса. Мои 76 файлов были обработаны меньше чем за минуту.