Зависит от покупки. Электронные продукты оплачиваю с помощью виртуальной карты. Если же заказываю физические товары, то расплачиваюсь наличными при получении. Карту в таких случаях не использую, ибо платить за кота в мешке не хочется.
Вообще если говорить о нужных в интернет-магазине способах оплаты, желательно, чтоб их было достаточно много, и покупатель мог выбрать наиболее удобный для него вариант. На том же eBay, например, для большинства товаров единственный способ оплаты - PayPal, что крайне неудобно. Как минимум, должен быть наложенный платеж, оплата с помощью карты и с помощью электронных денег - Webmoney или Яндекс-Деньги. Это как раз тот случай, когда чем больше вариантов, тем лучше.