Piter, эта программа предназначена только для проверки установленного в папку Mods, причем на сколько я понимаю, даже обработанное рекомпрессором и сжатое в один большой .package он уже не сможет корректно проверить, равно как не может он проверять установленное лаунчером и установленные города. Лично я этой программой пользовалась редко, у меня мало контента, добавляю я его маленькими порциями, так что мне всегда было легко выцепить подозрительную вещь.
Вообще этой программе на нашем форуме посвящена
целая тема, где можно найти ответы на вопросы или спросить как что работает и что ей можно проверять, а что нельзя.
UPD в первом посте той темы подробная информация, все же можно проверять и установленное лаунчером и сжатое в один файл.
Но что совершенно точно - эта программа работает только с файлами формата .package