Леликs
Когда запускаешь файл с расширением .torrent, то клиент при добавлении задания выдает окно, где и присутствуют данные галочки. Возможно официальный торрент(bittorrent, я им не пользуюсь, но тоже сейчас развивается в плане настроек), такого окна и не выдает. Попробуй BitComet, uTorrent.
В Комете и так можно убирать галки. А если в настройках убрать расширение от клиента и указать одну папку для закачек, то пользоваться разными клиентами поочередно, задание только надо будет для каждого запустить.