Второй вариант может быть плох, т.к. в новой папке могут находится файлы, которых там раньше не было (они сгенерились для только что установленного аддона), заменять их нечем - они остаются как есть. А все остальные старые файлы попадают в игру неапдейченные под новый аддон. Получается противоречие.
Я не люблю возню папками. Перед установкой копирую только мой городок (бэкап). Запускаю, аддон апдейтит мои сохраненки, я ставлю галку про использование закачек, выхожу - захожу и уже ломлюсь к своим симам. Все всегда было в порядке.
Жизненные цели у меня поменялись один раз, при установке одного из первых аддонов (Уни или Найтлайф), он был пираткой - пропала часть домов в городке и у всех сменились жизненные цели.