MSI - это просто "оболочка", "архив" с файлами и скриптом для действий над этими файлами. Примерно как Inno Setup, NSIS и т.п., но просто более-менее стандартизированное и поддерживаемое кучей производителя ПО. Обычно ПО делают в виде .exe файла который сначала проверяет есть ли на компе "интерпретатор" .msi, если нет - ставит и потом уже распаковывает сам .msi и запускает его скрипт на выполнение.. чтобы посмотреть что делает (какие сервисы создает какие файлы куда копирует, какие проверки установленных программ делает и т.п.) скрипт в конкретном .msi можно использовать, например, Wise for Windows Installer. Это если в общих чертах.